植物の魅力の一つはその多彩な花の色にあります。
色素の中で代表的なものは、フラボノイド・ベタレイン・カロチノイド・クロロフィルの４つです。これらは単独でまたは共存して様々な色を発色します。
フラボノイドは白から黄色、橙赤、赤紫、青までいろいろな色をだします。ベタレインは黄色と赤から紫をだします。カロチノイドは黄色から橙、赤をだします。クロロフィルは緑色をだします。
フラボノイドはアントシアニン、フラボン、フラボノール、カルコン、オーロンなどの色素の総称です。水溶性で細胞液に溶けて存在しています。
アントシアニンは赤色から紫、青、水色まで幅広い発色をする色素です。カルコン・オーロンでは濃い黄色や橙赤色になります。ダリア・ベニバナ・カーネーション・ボタンの花の黄色はカルコン、キンギョソウの黄色はオーロンによるものです。その他のフラボノイドは無色から薄い黄色です。また、アントシアニンと共存しアントシアニンの色調を変化させます。
ベタレインはベタシアニンとベタキサンチンの総称です。ベタシアニンは赤から紫色を発色し、ベタキサンチンは黄色を発色します。ベタレインは水溶性で窒素を含む色素としてまとめられています。また、ベタレインを持つ植物群はナデシコ目（ザクロソウ科・ツルムラサキ科・スベリヒユ科・ヒユ科・アカザ科・サボテン科・オシロイバナ科・ヤマゴボウ科）に限られています。
カロチノイドはカロチンとキサントフィルの総称で、黄色、橙色から赤色の色素です。花びらだけでなく葉や根、果実などにも含まれています。水に溶けず脂肪などに溶けるため、細胞内の色素体に含まれています。
クロロフィルは緑色を発色するが花の色の色素としての働きより光合成の中心的色素としての働きのほうが重要です。多くの花もつぼみの時はクロロフィルの緑色をしていますが、花が開く頃になるとその他の色素が合成され、クロロフィルは分解されていきます。緑色の花ではクロロフィルが分解されずに残ります。しかし、植物全体が緑色をしているので、緑色の花びらでは花粉の運搬者に花の位置を知らせることができません。